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比较Guava中基于SNP的遗传连锁和物理图(Psidium Guajava)

bobapp苹果版安全吗发布:2022年5月25日
基因。摩尔。res。21(2):GMR19033 doi:https://doi.org/10.4238/gmr19033
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(2022)。比较Guava(Guajava psidium guajava)中基于SNP的遗传联系和物理图。基因。摩尔。res。21(2):GMR19033。https://doi.org/10.4238/gmr19033
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抽象的

基因组映射是染色体中分子标记或核苷酸序列的简化表示。开发准确且密集的地图对于标记辅助选择至关重要。我们开发并比较了使用JOINMAP 4.0和GACD获得的遗​​传连锁图与使用基于BLAST分析获得的物理图获得的遗传学图桉树SNP转移到Guava,瓜哈瓦psidium(Myrtaceae) - 作为该作物中特质映射的参考。使用Euchip60k SNP芯片,版本2.0(72,202 SNP),对来自著名商业品种和外来基因型(Pedro Sato×Purple Guava)之间的112个个体进行了基因分型。79%的SNP是单态。数据过滤后,将1120个标记用于地图构造。JOINMAP 4.0链接图具有203个标记,跨越1405.2厘米,平均标记距离为7.7厘米。GACD链接图具有186个标记,并跨越1392.7厘米,平均标记距离为8.8厘米。JOINMAP和GACD在估计的距离和SNP排序上不同意。GACD显示出比JoinMap 4.0更大的限制,因为它根据其父母的起源订购了标记。使用BLAST开发的物理图由694个命中组成(来自8倍的电子值-10至1.15xe-26),跨越434.88 MB,平均标记间隔为0.62 MB。这两个连锁图均显示了与物理图相比,具有来自几个染色体的片段的连锁组,表明局限性。这些结果突出了通过BLAST进行物理映射的有效性,以克服链接映射限制,例如标记分组和排序。此处提出的物理图可以作为绘图和QTL估计值的参考

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